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根據新疆87個重點農作物病蟲測報站2015年秋季有害生物越冬基數調查結果，結合氣象、栽培及種植結構等因素綜合分析，預計2016年新疆農作物主要病蟲害總體中等發生，部分病蟲呈重發趨勢。
其中玉米螟、棉葉螨、土蝗局部偏重發生；小麥條銹病、雪腐雪霉病在局部麥區流行風險較高；小麥白粉病、黑穗病、玉米葉螨、雙斑螢葉甲、棉花黃萎病、棉盲蝽呈加重發生趨勢。預計新疆農作物主要病蟲害發生面積9120萬畝次，2015年新疆病蟲害發生面積8020萬畝次，同比增加13.7%。
葡萄病蟲害總體中等發生（3級），發生面積130萬畝次。病害以霜霉病、白粉病、毛氈病為主，發生面積50萬畝次。蟲害以斑葉蟬、白星花金龜、介殼蟲為主，發生面積80萬畝次。發生區域南疆喀什、阿克蘇、克州，東疆哈密、吐魯番，北疆伊犁、昌吉。
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